莫斯科工程物理学院成立于1942年，是俄罗斯最著名的技术大学之一，当时名为莫斯科弹药机械研究所，于1943年1月1日才开始授课。在1953年时学校更名为莫斯科工程物理学院，1993年学校改名为莫斯科国立工程物理学院，自2003年以来改为莫斯科工程物理研究所（国立大学），2008年学校又被改为国立核能研究大学-莫斯科工程物理学院。