丛林奇航影片故事的背景为1916年，女主角莉莉霍顿是英国的一位植物学家，她极欲寻找一种位于亚马逊丛林的神奇花朵，传说该花朵可治百病，莉莉渴望用其造福全人类。在获得有助于寻宝的关键物品后，她便拉着弟弟麦奎格一同前往亚马逊流域探险，并雇用了当地的一位船长法兰克当向导。然而，神奇的宝物自然免不了他人的觊觎，一场攸关寻宝与宝物争夺战的戏码，就这样拉开序幕。