防城港市北部湾海洋文化博物馆的主体建设已基本结束，现如今已正式进入内部建设阶段。该市文化部门对陈列主题进行了探索，并在广西壮族自治区内外开展了广泛的意见征集和讨论，最终参照该市第五次党代会提出来的建设海洋文化名市为目标，确立了以展示北部湾海洋文化为主，同时展示防城港市本地历史、地方文化的陈列展出主题，并委托广西壮族自治区博物馆编纂了《北部湾海洋文化博物馆陈列设计方案》。