赛菊巴寺位于萨迦县驻地东边的赛·藏节曲河北岸，寺庙坐落在大日山南麓的山坳里，被三面环山所包围，距离帕度村800米。始建于15世纪中叶，由宗喀巴大师的得意弟子吉·喜饶僧格建造。寺庙占地面积12000平方米，包括大殿、甘丹颇章、僧舍等建筑。赛菊巴寺是格鲁派密宗寺院的开端，被赋予了修行密法的重要使命。寺庙环境幽雅，远离人烟，适合潜心修行。现如今，赛菊巴寺每三年由拉萨下密院派遣赤巴管理。