小叮当:拯救精灵大作战的故事讲述了修理匠叮当由于喜爱人类物品而靠近人类的房子，而被一位相信仙子的小女孩捉住。小女孩的真诚使叮当和她成为了朋友。小女孩的爸爸是一位自然学家，给了他一本空白的研究本。女孩就和叮当一起完成了关于仙子的研究。可是，她的爸爸不相信有仙子，不断研究没被仙子画好翅膀的蝴蝶。而同时，叮当的伙伴维迪亚和其他仙子展开了救援活动。