复旦大学上海医学院的主管部门是复旦大学，于1927年创建，是一所二级学院，由中华人民共和国教育部、中华人民共和国国家卫生健康委员会、上海市人民政府共建托管。复旦大学上海医学院创立时名为国立第四中山大学医学院，是中国创办的第一所国立大学医学院，该校设有直属院系所10个，附属医院18所。